战胜佩恩后玩家将面临一系列新的挑战，这些挑战主要集中在剧情推进、角色成长和团队协作三个方面。佩恩之战虽然是游戏中的重要转折点，但后续的忍界大战和更高难度的副本对玩家的操作和策略提出了更高要求。玩家需要重新调整阵容，适应新的战斗节奏，并针对敌人的特性制定战术。
战斗系统的复杂度会显著提升，特别是面对秽土转生忍者时，敌人的攻击模式和技能组合更加多变。玩家需掌握更精细的查克拉管理技巧，同时注意敌方单位的复活机制。佩恩战后开放的修罗难度副本中，BOSS战往往需要精确的走位和技能释放时机，任何失误都可能导致团灭。建议优先提升主力角色的暴击率和闪避属性，以应对高强度连续战斗。
角色培养方面会出现明显的资源短缺问题。觉醒材料和高级忍具的获取难度增加，玩家需要合理分配体力参与特定活动副本。新解锁的轮回眼系统对战斗有显著影响，但相关养成材料需要通过组队任务获取，这要求玩家建立稳定的社交关系网络。部分关键技能书的掉落率较低，可能需要反复刷取特定关卡。
多人协作玩法成为后期主要内容，但团队配合难度较高。佩恩战后开放的跨服战场和阵营对抗模式中，战术执行和角色搭配比个人操作更重要。建议提前研究各忍者的团队增益效果，并熟悉常用战术阵型的优缺点。语音沟通工具的运用能有效提升配合效率，特别是在需要分头执行任务的副本中。
主线剧情与支线任务的衔接可能出现断层，部分关键剧情道具的获取途径较为隐蔽。每日任务清单会新增高回报项目，但完成耗时较长，需要权衡时间投入与收益。定期检查成就系统可以避免遗漏重要奖励，某些限定成就的完成窗口期较短。
